Plateforme d’imagerie EPI²

La plateforme d’imagerie EPI2 fait partie de l’UMR7216 Epigénétique et Destin Cellulaire.

Elle possède plusieurs microscopes de routine à épifluorescence, réservés aux membres de l’unité, et deux équipements de pointe ouverts aux utilisateurs externes : un microscope haut débit Operetta, et un microscope confocal LSM900 équipé d’un laser UVC 266nm piloté par un module RappOpto, permettant l’endommagement ciblé de cellules vivantes et petits organoïdes par des UVC. Le trajet optique de ce microscope a été spécialement adapté pour la transmission du laser 266nm, faisant de cet équipement l’un des rares disponibles en Europe.

Pour toute question relative à l’utilisation de ces équipements, vous pouvez contacter les responsables plateforme epi2imaging@parisepigenetics.com.

Cellules progénitrices neuronales (NPCs):
Violet == Ncadh
Bleu== DAPI
Acquisition : Zeiss LSM900

© Kevin Daupin

Missions

  • Formation des utilisateurs et accompagnement vers l’autonomie
  • Aide à la préparation et l’observation des échantillons
  • Aide à l’analyse d’images
  • Achat et maintenance des équipements
  • Organisation de démonstrations de nouveaux appareils
  • Veille méthodologique et technologique

Domaines d’expertise

  • Microscopie champ large
  • Microscopie confocale
  • Microscopie haut débit
  • Irradiation laser pilotée (UVC 266nm)
  • Analyse d’images et automatisation

Microscopie haut-débit

Équipement et services proposés pour la microscopie à haut-débit.

Microscopie confocale et laser UVC

La plateforme dispose d’un microscope confocal équipé d’un laser UVC piloté : description du système.

Microscopie épifluorescence

Description des équipements disponibles en épifluorescence et lumière transmise.

Membres

Responsable plateau :

Sandra Piquet

Responsable microscopie haut débit :

Audrey Chansard

Comité de pilotage :

  • Sophie Polo
  • Céline Morey
  • Véronique Dubreuil

 

Publications

Bogard B, Francastel C, Hubé F.
Systematic Identification and Functional Validation of New snoRNAs in Human Muscle Progenitors.
Non-Coding RNA 2021 Sep 13;7(3), 56; PMC8482216

Déborah Bouvier, Juliette Ferrand, Odile Chevallier, Michelle T Paulsen, Mats Ljungman, Sophie E Polo.
Dissecting regulatory pathways for transcription recovery following DNA damage reveals a non-canonical function of the histone chaperone HIRA.
Nat Commun 2021 Jun 22;12(1):3835; PMC8219801

Gabrielle Olley, Madapura M Pradeepa, Graeme R Grimes, Sandra Piquet, Sophie E Polo, David R FitzPatrick, Wendy A Bickmore, Charlene Boumendil.
Cornelia de Lange syndrome-associated mutations cause a DNA damage signalling and repair defect
Nat Commun 2021 May 25;12(1):3127; PMC8149872

Anna Fortuny, Audrey Chansard, Pierre Caron, Odile Chevallier, Olivier Leroy, Olivier Renaud, Sophie E Polo.
Imaging the response to DNA damage in heterochromatin domains reveals core principles of heterochromatin maintenance
Nat Commun 2021 Apr 23;12(1):2428; PMC8065061

Casanova M., Moscatelli M., Chauvière EL., Huret C., Samson J., Liyakat Ali TM., Rosspopoff O. and Rougeulle C.
A primate-specific retroviral enhancer wires the XACT lncRNA into the core pluripotency network in humans.
Nat. Commun. 2019 Dec 11;10(1):5652 ; PMC31827084

Naciri I, Laisné M, Ferry L, Bourmaud M, Gupta N, Di Carlo S, Huna A, Martin N, Peduto L, Bernard D, Kirsh O, Defossez PA.
Genetic screens reveal mechanisms for the transcriptional regulation of tissue-specific genes in normal cells and tumors.
Nucleic Acids Res. 2019 Apr 23;47(7):3407-3421; PMC6468300

Kori S, Ferry L, Matano S, Jimenji T, Kodera N, Tsusaka T, Matsumura R, Oda T, Sato M, Dohmae N, Ando T, Shinkai Y, Defossez PA, Arita K.
Structure of the UHRF1 Tandem Tudor Domain Bound to a Methylated Non-histone Protein, LIG1, Reveals Rules for Binding and Regulation.
Structure. 2019 Mar 5;27(3):485-496.e7. DOI: 10.1016/j.str.2018.11.012

Ma X, Warnier M, Raynard C, Ferrand M, Kirsh O, Defossez PA, Martin N, Bernard D.
The nuclear receptor RXRA controls cellular senescence by regulating calcium signaling.
Aging Cell. 2018 Dec;17(6):e12831. PMC6260923

Sandra Piquet, Florent Le Parc, Siau-Kun Bai, Odile Chevallier, Salomé Adam, Sophie E Polo.
The Histone Chaperone FACT Coordinates H2A.X-Dependent Signaling and Repair of DNA Damage
Mol Cell 2018 Dec 6;72(5):888-901.e7 PMC6292839

Marchal C, de Dieuleveult M, Saint-Ruf C, Guinot N, Ferry L, Olalla Saad ST, Lazarini M, Defossez PA, Miotto B.
Depletion of ZBTB38 potentiates the effects of DNA demethylating agents in cancer cells via CDKN1C mRNA up-regulation.
Oncogenesis. 2018 Oct 11;7(10):82. PMC6182000

Miotto B, Marchal C, Adelmant G, Guinot N, Xie P, Marto JA, Zhang L, Defossez PA.
Stabilization of the methyl-CpG binding protein ZBTB38 by the deubiquitinase USP9X limits the occurrence and toxicity of oxidative stress in human cells.
Nucleic Acids Res. 2018 May 18;46(9):4392-4404. PMC5961141

Furlan G., Gutierrez Hernandez N., Huret C., Galupa R., von Bemmel J., Romito A., Heard E., Morey C. and Rougeulle C.

The Ftx noncoding locus controls X chromosome inactivation independently of its RNA products.
Mol. Cell. 2018 May 3; 70:462-472. DOI: 10.1016/j.molcel.2018.03.024

Kilens S., Meistermann D., Moreno D., Chariau C., Gaignerie A., Reignier A., Lelièvre Y., Casanova M., Vallot C., Nedellec S., Flippe L., Firmin J., Song J., Charpentier E., Lammers J., Donnart A., Marec N., Deb  W., Bihouée A., , Le Caignec C., Pecqueur C., Redon R., Barrière P., Bourdon J., Pasque V., Soumillon M., Mikkelsen T.S.,Rougeulle C., Fréour T. and David L.

Parallel derivation of isogenic human primed and naive induced pluripotent stem cells.
Nat. Commun. 2018 Jan 24;9(1):360. PMC5783949

Ferry L, Fournier A, Tsusaka T, Adelmant G, Shimazu T, Matano S, Kirsh O, Amouroux R, Dohmae N, Suzuki T, Filion GJ, Deng W, de Dieuleveult M, Fritsch L, Kudithipudi S, Jeltsch A, Leonhardt H, Hajkova P, Marto JA, Arita K, Shinkai Y, Defossez PA.
Methylation of DNA Ligase 1 by G9a/GLP Recruits UHRF1 to Replicating DNA and Regulates DNA Methylation.
Mol Cell. 2017 Aug 17;67(4):550-565.e5. DOI: 10.1016/j.molcel.2017.07.012

Hédouin S, Grillo G, Ivkovic I, Velasco G, Francastel C.
CENP-A chromatin disassembly in stressed and senescent murine cells.
Sci Rep. 2017 Feb 10;7:42520. PMID: 28186195

Vallot C, Patrat C, Collier AJ, Huret C, Casanova M, Liyakat Ali TM, Tosolini M, Frydman N, Heard E, Rugg-Gunn PJ, Rougeulle C.
XACT Noncoding RNA Competes with XIST in the Control of X Chromosome Activity during Human Early Development.
Cell Stem Cell. 2017 Jan 5;20(1):102-111. PMID: 27989768

Roussel-Gervais A, Naciri I, Kirsh O, Kasprzyk L, Velasco G, Grillo G, Dubus P, Defossez PA.
Loss of the methyl-CpG binding protein ZBTB4 alters mitotic checkpoint, increases aneuploidy and promotes tumorigenesis .
Cancer Res . 2016 Nov; pii: canres.1181. PMID: 27815388

Beyer S, Pontis J, Schirwis E, Battisti V, Rudolf A, Le Grand F, Ait-Si-Ali S.
Canonical Wnt signalling regulates nuclear export of Setdb1 during skeletal muscle terminal differentiation.
Cell Discov. 2016 Oct 18;2:16037. PMID: 27790377

Adam S, Dabin J, Chevallier O, Leroy O, Baldeyron C, Corpet A, Lomonte P, Renaud O, Almouzni G, Polo SE.
Real-Time Tracking of Parental Histones Reveals Their Contribution to Chromatin Integrity Following DNA Damage.
Mol Cell. 2016 Oct 6;64(1):65-78. PMID: 27642047

Cantone I, Bagci H, Dormann D, Dharmalingam G, Nesterova T, Brockdorff N,Rougeulle C, Vallot C, Heard E, Chaligne R, Merkenschlager M, Fisher AG.
Ordered chromatin changes and human X chromosome reactivation by cell fusion-mediated pluripotent reprogramming.
Nat Commun. 2016 Aug 10;7:12354. PMID: 27507283

Battisti V, Pontis J, Boyarchuk E, Fritsch L, Robin P, Ait-Si-Ali S, Joliot V.
Unexpected Distinct Roles of the Related Histone H3 Lysine 9 Methyltransferases G9a and G9a-Like Protein in Myoblasts.
J Mol Biol. 2016 Jun 5;428(11):2329-43. PMID: 27056598

Marsolier J, Perichon M, DeBarry JD, Villoutreix BO, Chluba J, Lopez T,
Garrido C, Zhou XZ, Lu KP, Fritsch L, Ait-Si-Ali S, Mhadhbi M, Medjkane S, Weitzman JB.
Theileria parasites secrete a prolyl isomerase to maintain hostb leukocyte transformation.
Nature. 2015 Apr 16;520(7547):378-82. PMID: 25624101

Vallot C, Ouimette JF, Makhlouf M, Féraud O, Pontis J, Côme J, Martinat C, Bennaceur-Griscelli A, Lalande M, Rougeulle C.
Erosion of X Chromosome Inactivation in Human Pluripotent Cells Initiates with XACT Coating and Depends on a Specific Heterochromatin Landscape.
Cell Stem Cell. 2015 May 7;16(5):533-46. PMID: 25921272

Makhlouf M, Ouimette JF, Oldfield A, Navarro P, Neuillet D, Rougeulle C.
A prominent and conserved role for YY1 in Xist transcriptional activation.
Nat Commun. 2014 Sep 11;5:4878. PMID: 25209548

Miotto B, Chibi M, Xie P, Koundrioukoff S, Moolman-Smook H, Pugh D, Debatisse M, He F, Zhang L, Defossez PA.
The RBBP6/ZBTB38/MCM10 axis regulates DNA replication and common fragile site stability.
Cell Rep. 2014 Apr 24;7(2):575-87. PMID: 24726359

Vallot C, Huret C, Lesecque Y, Resch A, Oudrhiri N, Bennaceur-Griscelli A, Duret L, Rougeulle C.
XACT, a long noncoding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells.
Nat Genet. 2013 Mar;45(3):239-41. PMID: 23334669

Contact

Sandra Piquet, M.Sc
Centre épigénétique et Destin Cellulaire
CNRS UMR7216 – Université Paris Cité
Lamarck B, 4e étage, pièce 413
35, rue Hélène Brion
75205 Paris Cedex 13

Tel : 33 (0)1 57 27 89 81
Fax : 33 (0)1 57 27 89 11
Email : sandra.piquet@u-paris.fr

Haut-débit :
Salle RB70

Confocal :
Salle RB71

Epifluorescence :
Salle 425

 

 

 

À lire aussi

Séminaire Manuel Muñoz

Séminaire Manuel Muñoz

Mercredi 6 mars 2024, à 11h Manuel Muñoz Université de Buenos Aires-CONICET, ArgentineInvité par Sophie Polo “RNA polymerase II abundance is controlled by DNA repair” Le séminaire se tiendra à l’Institut Jacques Monod, salle François Jacob (RB-18B). Bâtiment Buffon,...

Séminaire Jean-Christophe Andrau

Séminaire Jean-Christophe Andrau

Mercredi 28 février 2024, à 11hJean-Christophe Andrau IGMM, MontpellierInvité par Pierre-Antoine Defossez “Secondary DNA structures contribute to promoter activity as nucleosome exclusion modules” Le séminaire se tiendra à l’Institut Jacques Monod, salle François...