EpiG : Epigénomique fonctionnelle

La plateforme Epigénomique Fonctionnelle a pour objectifs d’assurer la mise à disposition d’équipements et de former le personnel à leur utilisation.

Elle propose des prestations de services permettant l’analyse de l’épigénome et participe aux développement de nouvelles techniques en fonction des évolutions du domaine.

La plateforme Epigénomique Fonctionnelle est ouverte à la communauté scientifique académique et industrielle.

Schéma des expertises de la plateforme
La plateforme offre un accompagnement dans le design, la réalisation et dans l’interprétation des expériences en Epigénétique.

© Laure Ferry

Expertises

La plateforme Epigénomique Fonctionnelle offre une expertise complète pour l’analyse des marques épigénétiques. Elle évalue la faisabilité des projets déposés et propose la méthode la plus adaptée pour leur aboutissement.

Méthylation de l’ADN

  • LUMA (LUminometric Methylation Assay)
  • MeDIP ou hMeDIP (Methylated ou hydroxyMethylated Immunoprecipitation Assay)
  • Bisulfite pyroséquençage

Marques post-tranductionnelles des Histones 

  • Cut & Run
  • ChIP

Soumettre un projet

Vous pouvez nous contacter pour que nous puissions répondre à vos questions et discuter ensemble de votre projet.

Vous devez remplir la fiche de demande de projet et l’envoyer à l’adresse suivante : parisepigenetics.pf@gmail.com

Développements

La plateforme Epigénomique Fonctionnelle s’implique dans le développement de nouvelles techniques d’analyse de l’Epigénome :

  • Automatisation Cut & Run
  • Cut & Tag
  • Enzymatic Methyl-seq ( EM-seq)
  • Nanopore

 

 

Analyses épigénétiques proposées

Les prestations de service disponibles pour l’analyse de la méthylation de l’ADN et des marques d’histones.

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Équipements

Les équipements disponibles sur la plateforme Epigénomique Fonctionnelle.

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Membres

Responsable scientifique : Pierre-Antoine Defossez

Responsable technique : Laure Ferry 

Comité de Pilotage :

 

Publications

 

  • Planques A, Pierre K, Ferry L, Grunau C, Gazave E, Vervoort M. DNA methylation atlas and machinery in the developing and regenerating annelid Platynereis dumerilii. BMC Biology, Vol 19, Iss 1, Pp 1-26, 2021. DOI: 10.1186/s12915-021-01074-5
  • Marchal C, de Dieuleveult M, Saint-Ruf C, Guinot N, Ferry L, Olalla Saad ST, Lazarini M, Defossez PA, Miotto B. Depletion of ZBTB38 potentiates the effects of DNA demethylating agents in cancer cells via CDKN1C mRNA up-regulation. Oncogenesis; Oct 2018, Vol. 7 Issue 10, p1-18, 18p DOI: 10.1038/s41389-018-0092-0
  • Velasco G, Grillo G, Touleimat N, Ferry L, Ivkovic I, Ribierre F, Deleuze JF, Chantalat S, Picard C, Francastel C. Comparative methylome analysis of ICF patients identifies heterochromatin loci that require ZBTB24, CDCA7 and HELLS for their methylated state. Human Molecular Genetics, 2018 Jul 15;27(14):2409-2424. DOI: 10.1093/hmg/ddy130.
  • Ferry L, Fournier A, Tsusaka T, Adelmant G, Shimazu T, Matano S, Kirsh O, Amouroux R, Dohmae N, Suzuki T, Filion GJ, Deng W, de Dieuleveult M, Fritsch L, Kudithipudi S, Jeltsch A, Leonhardt H, Hajkova P, Marto JA, Arita K, Shinkai Y, Defossez PA. Methylation of DNA Ligase 1 by G9a/GLP Recruits UHRF1 to Replicating DNA and Regulates DNA Methylation. Molecular Cell. August 17, 2017, Vol. 67 Issue 4, p550. DOI: 10.1016/j.molcel.2017.07.012
  • Kebir O, Chaumette B, Rivollier F, Miozzo F, Lemieux Perreault LP, Barhdadi  A, Provost S, Plaze M, Bourgin J, the ICAAR team, Gaillard  R, Mezger V, Dubé  M-P , Krebs  M-O. Methylomic changes during conversion to psychosis.  Molecular Psychiatry (2017) 22, 512-518. DOI: 10.1038/mp.2016.53.
Contact

Vous pouvez nous contacter par mail à l’adresse suivante : parisepigenetics.pf@gmail.com

Plateforme Epigénomique Fonctionnelle

35 rue Hélène Brion

Bâtiment Lamarck B, RB77-81

75013 PARIS

+33(0)1 57 27 89 26

 

 

 

 

 

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