Équipe Rougeulle

ARN non codants, Différentiation et Développement

Congrès EMBO XCI. Berlin 2023

© Equipe Rougeulle

La recherche dans le laboratoire de Claire Rougeulle se concentre sur le processus emblématique de l’inactivation du chromosome X, dans le but d’élucider comment une telle extinction épigénétique à l’échelle du chromosome est réalisée et régulée dans diverses espèces de mammifères. Plus généralement, nous nous intéressons au contrôle épigénétique de l’expression des gènes en relation avec l’identité et le destin des cellules, à la contribution des gènes générant des longs ARNs non codant et des éléments transposables à ces processus et à la plasticité des régulations épigénétiques dans l’évolution.

Nous utilisons une variété de cellules souches pluripotentes de souris et de primates et leurs dérivés différenciés pour récapituler les étapes clés du développement et les états cellulaires. Notre stratégie expérimentale combine l’ingénierie des génomes (CRISPR) avec des analyses de cellules uniques, des enquêtes transcriptomiques et épigénomiques à grande échelle et des études topologiques en 3D.

Nos projets de recherche:

Inactivation du chromosome X humain in vitro

Description

L’inactivation du chromosome X (XCI) est essentielle au développement de la femme et liée à des susceptibilités spécifiques au sexe pour diverses maladies. Pour comprendre comment l’inactivation du chromosome X contribue aux différences entre les hommes et les femmes, nous modélisons, in vitro, les étapes clés de l’inactivation du chromosome X en utilisant, comme point d’entrée, les cellules souches embryonnaires humaines (CSEh). Les CSEh sont reprogrammées pour découvrir comment l’inactivation du chromosome X est initialement établie au cours des premiers jours du développement embryonnaire, avec un accent particulier sur le rôle des ARN non codants structurels tels que XIST et XACT. Les CSEh sont différenciés en types de cellules spécifiques pour évaluer la plasticité de XCI dans des tissus somatiques distincts, y compris le compartiment hématopoïétique et le tissu organisé par l’utilisation d’organoïdes.

Évolution de l’inactivation du chromosome X chez les primates

Description

Il existe des différences remarquables dans la manière dont l’inactivation du chromosome X est mise en place entre l’homme et la souris, en relation avec un réseau radicalement différent de gènes lncRNA régulateurs que notre groupe a contribué à déchiffrer. Nous explorons maintenant la variabilité phénotypique et mécanistique de l’inactivation du chromosome X chez les primates en utilisant des cellules souches pluripotentes de primates non humains afin de sonder le degré d’innovation génétique et épigénétique sur une échelle de temps limitée, et la contribution du génome non codant à cette évolution.

Plasticité du génome non codant                                  

Description

Le génome non codant participe à l’établissement des programmes d’expression des gènes, et, à ce titre, à l’identité et au destin des cellules. Il englobe un vaste répertoire de gènes lncRNA (LRGs) – dont une fraction provient de rétrovirus endogènes – dont la fonction peut être véhiculée par des modules distincts, tels que l’ARN lui-même, le locus génomique, l’acte de transcription ou tout sous-produit ARN plus petit en aval. L’inactivation du X est un exemple frappant d’un processus contrôlé par les GRL agissant à plusieurs niveaux et par divers mécanismes. Notre objectif est d’explorer la polyvalence des LRGs afin de comprendre si un LRG donné peut jouer de multiples fonctions dans divers contextes développementaux et cellulaires, et comment les mécanismes sous-jacents peuvent varier en conséquence.

 

 

Publications

2024

  • Huret C., Ferrayé L., David A. Mohamed M., Valentin N., Charlotte F., Savignac M., Goodhardt M., Guéry J-C.,Rougeulle C. and Morey C. Altered X-chromosome inactivation predisposes to autoimmunity . Science Advances, 2024 May

2023

  • Rosspopoff O,  Cazottes E, Huret C, Loda A, Collier A, Casanova M, Rugg-Gunn P, Heard E, Ouimette JF, Rougeulle C. Species-specific regulation of XIST by the JPX/FTX orthologs . Nucleic Acids Research, 2023 Feb

2022

2021  

 2020

2019

  • Casanova MMoscatelli MChauvière LÉHuret CSamson JLiyakat Ali TMRosspopoff ORougeulle C. A primate-specific retroviral enhancer wires the XACT lncRNA into the core pluripotency network in humans. Nat Commun. 2019 Dec 11;10(1):5652.

2018

  • Furlan G, Gutierrez Hernandez N, Huret C, Galupa Rvan Bemmel JG, Romito A, Heard E, Morey C, Rougeulle C.  The Ftx Noncoding Locus Controls X Chromosome Inactivation Independently of Its RNA Products. Mol Cell. 2018 Apr 20. pii: S1097-2765(18)30227-2.

2017

  • Vallot C., Patrat C., Collier AJ., Huret C., Casanova M.Liyakat Ali TM.Tosolini M., Frydman N., Heard E., Rugg-Gunn P.J.and Rougeulle C. Competing action of XIST and XACT noncoding RNAs in the control of X chromosome activity during human early development. Cell Stem Cell. 2017 Jan 5;20(1):102-111.  

2016

  • Vallot C.,  Ouimette JF.Rougeulle C. Establishment of X chromosome inactivation and epigenomic features of the inactive X depend on cellular contexts.  Bioessays. 2016 Sep;38(9):869-80
  • Ouimette JF, Rougeulle C. How Many Non-coding RNAs Does It Take to Compensate Male/Female Genetic Imbalance?  Adv Exp Med Biol. 2016;886:33-49

2015

  • Vallot C*, Ouimette JF*, Makhlouf M, Féraud O, Pontis J, Côme J, Martinat C, Bennaceur-Griscelli A, Lalande M, Rougeulle C. Erosion of X Chromosome Inactivation in Human Pluripotent Cells Initiates with XACT Coating and Depends on a Specific Heterochromatin Landscape.Cell Stem Cell. 2015 May 7;16(5):533-46.

2014

  • Makhlouf M.*, Ouimette JF.*, Oldfield A.*, Navarro P., Neuillet D. and Rougeulle C. A prominent and conserved role for YY1 in Xist transcriptional activation. Nat Commun. 2014 Sep 11;5:4878.

2013

  • Häfner S. and Rougeulle C. La matière noire du génome. Pour la Science, 81: 58-63.
  • Vallot C., Huret C., Lesecque Y., Resch A., Oudrhiri N., Bennaceur-Griscelli A., Duret L. and Rougeulle C. XACT, a long non-coding transcript coating the active X chromosome in human pluripotent cells. Nat Genet. 2013 Mar;45(3):239-41.​

2012

2011

2010

  • Navarro P., Oldfield A., Legoupi J., Festuccia N., Dubois A., Attia M., Schoorlemmer J., Rougeulle C., Chambers I. and Avner P. Molecular coupling of Tsix regulation and pluripotency. Nature 2010 Nov 18;468(7322):457-60.​
  • Mitjavila-Garcia M., Bonnet M.L., Yates F., Haddad R., Oudrhiri N., Féraud O., Magniez A., Vallot C., Makhlouf M., Rougeulle C., Bennaceur-Griscelli A. and Turhan A.G. Partial reversal of the methylation pattern of X-linked gene HUMARA during hematopoietic differentiation of human embryonic stem cells. J Mol Cell Biol. 2010 Oct;2(5):291-8.​

2009

  • Navarro P., Chantalat S., Foglio M., Chureau C., Vigneau S., Clerc P. Avner P. and Rougeulle C. A role for non-coding Tsix transcription in partitioning chromatin domains within the mouse X-inactivation centre. Epigenetics Chromatin. 2009 Jul 20;2(1):8.​
Membres
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Charbel Alfeghaly

Post-doctoral fellow (CDD CNRS ERC Xcycle)

charbel.alfeghaly@u-paris.fr

+33(0)157278929

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Jeanne Brouillet

Bioinformatic engineer (CDD CNRS ERC XCycle)

brouillet.jeanne@parisepigenetics.com

+33(0)157278930

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Leo Carrillo

PhD Student (Université Paris Cité)

leo.carrillo@etu.u-paris.fr

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Clara Dubourg

Engineer (CDD CNRS ERC XCycle)

clara.dubourg@cnrs.fr

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Romina Facchinello

PhD student (Université Paris Cité)

romina.facchinello@etu.u-paris.fr

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Christophe Huret

Lab Manager | Vectorology platform manager (Université Paris Cité)

christophe.huret@u-paris.fr

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Céline Morey

Senior researcher (INSERM)

celine.morey@univ-paris-diderot.fr

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Jean-Francois Ouimette

Assistant Professor (Université Paris Cité)

jean-francois.ouimette@u-paris.fr

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Carla Piqueras

PhD student (Université Paris Cité)

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Claire Rougeulle

Team Leader | Deputy Director (CNRS)

claire.rougeulle@u-paris.fr

+33(0)157278924

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Anciens membres

 

Megha Balachandra – Étudiante Master 2

Naïs Boistol – Étudiante BTS

Juliette Boni – Étudiante Master 1

Charlie Bouchu – Étudiante Master 1

Miguel Casanova – Post-Doc

Gaël Castel – Ingénieure Bionformatique

Louis Chauvière – Étudiant PhD

Solène Coste – Étudiante Master 2

Arnaud Divol – Étudiant Master 2

Giulia Furlan – Etudiante PhD /  Post Doc

Angélique Galvani – Maitre de Conference

Elena Gomez Garcia – Étudiante Licence 2 Erasmus

Nancy Gutierrez Hernandez – Étudiante Master 1

Sophia Häfner – Étudiante PhD

Margot Hully – Étudiante Master 1 ENS

Yoann Kovacs – Étudiant Master 2

Ibrahim Lafi – Étudiant Master 1 Polytechnique

Alexia Le Barch – Étudiante Master 1 Polytechnique

Tharvesh Moideen Liyakat Ali – Ingénieur Bioinformatique

Charlie London – Ingénieur

Kasturi Mahadik – Post Doc

Mélanie Makhlouf – Étudiante PhD / Post Doc

Madeleine Moscatelli – Étudiante PhD / Post Doc

Damien Neuillet – Assistant ingénieur

Andrew Oldfield – Étudiant PhD

Antonio Romito – Post Doc

Olga Rosspopoff – Étudiante PhD / Post Doc

Julia Samson – Étudiante Master 2

Samantha Sheng – Post Doc

Matteo Tossolini – Étudiant Master 2

Céline Vallot – Chercheuse CNRS

Valentina Varriale – Étudiante Master 1 Polytechnique

Financements

            

Contacts

Claire ROUGEULLE, PhD, HDR, DR1 – CNRS
CNRS – Epigenetics and Cell Fate – UMR7216
Université Paris Cité
Bat Lamarck, 4ème étage. Case courrier 7042
35, rue Hélène BRION
75205 Paris Cedex 13

Tél : 33 (0)1 5727 8924
Fax : 33 (0)1 5727 8911
Email : claire.rougeulle@u-paris.fr

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