Équipe Francastel

L’intérêt général des travaux de notre équipe concerne la multiplicité et la complexité des réseaux de régulation qui contrôlent l’expression et le maintien des génomes de mammifères, depuis le contrôle transcriptionnel ou épigénétique au niveau local jusqu’à l’organisation génomique globale dans le volume nucléaire. Les génomes des eucaryotes complexes étant transcrits de manière relativement généralisée, alors qu’ils sont constitués principalement de séquences qui ne contiennent pas d’information codante pour des protéines, une tâche importante de la biologie moderne consiste à documenter cette énorme production transcriptionnelle non codante et à comprendre sa pertinence fonctionnelle dans les réseaux de régulation qui contrôlent le destin cellulaire normal. Nos travaux visent particulièrement à déterminer si les perturbations de cette production non codante représentent une force motrice dans l’émergence de maladies et à identifier les mécanismes et facteurs responsables de son maintien dans les cellules normales. Au cours des dernières années, nous nous sommes concentrés sur des régions génomiques intrinsèquement non codantes qui représentent une large fraction des génomes de mammifères, c’est-à-dire les séquences répétées et les introns, comme paradigmes pour apporter des réponses à ces questions et comme cibles non conventionnelles des perturbations post-transcriptionnelles et épigénétiques caractéristiques de nombreuses maladies humaines.

Nos stratégies de recherche sont à la fois fondamentales et axées sur le patient, basées sur (i) le développement de modèles murins, (ii) l’établissement de cohortes de patients en collaboration avec des médecins, (iii) une combinaison d’expertises complémentaires dans l’étude de l’expression des gènes, de la méthylation de l’ADN, des ARN non codants et de leurs complexes associés, de l’épissage et de la maturation des ARN, et de l’architecture nucléaire, et (iv) ils capitalisent sur des modèles cellulaires uniques que nous avons développés, comme les modèles murins, des cellules ES et des cellules des patients ainsi que la génération de données à haut débit. Les approches techniques que nous utilisons incluent la biologie moléculaire classique, les techniques à haut débit pour des analyses épigénomiques et transcriptomiques, l’imagerie cellulaire et des analyses in situ chez la souris.